Part II
nevű szervezet Akatsuki, amelynek Itachi tagja kezdődik emberrablás a házigazdák a kilenc nagy farkú állatok, köztük a Nine-Tails lepecsételték Naruto testébe, hogy kivonat őket. Több nindzsák Konoha, többek között a Team 7, elleni küzdelem az Akatsuki tagok és keresni a csapattársa Sasuke. Akatsuki sikeres elfog Naruto Costumes hét azok a lények, akiknek házigazdák megölték a folyamat, kivéve Gaara, a házigazda a One-Tail, akinek az életét menti meg Naruto és társait. Közben Sasuke Orochimaru elárulja és arcok Itachi hogy bosszút álljon. Miután Itachi meghal a csatában, Sasuke megtanulja az Akatsuki alapítója Tobi, hogy Itachi rendelte el Konoha felettesei, hogy elpusztítsa a klán, hogy megakadályozzák a puccs. Elfogadta a feltétellel, hogy Sasuke kell kímélni. Szomorú ez a Naruto Costumes kinyilatkoztatás, Sasuke csatlakozik erők Akatsuki ölni Konoha felettesei aki vezényelte a vérvonalat "megszüntetése és megsemmisíti Konoha, hogy bosszút álljon. Közben, ahogy több Akatsuki tagjai legyőzte Konoha nindzsák, a báb vezetője, Nagato, megöli Jiraiya és elpusztítja Konoha. Azonban Naruto legyőzi és megváltja őt, megszerezte a falu kapott tiszteletet és csodálatot.
A Nagato a bekövetkező halál, Tobi, míg álcázva egy Konoha alapító atyái Madara Uchiha, bejelenti, hogy ő akarja megszerezni mind a kilenc farkú állatok, hogy végre egy illúzió, amely elég erős, hogy ellenőrizzék az egész emberiség, állítólag annak érdekében, hogy hozzon létre a világbéke . A vezetők az öt ninja falvak megtagadja, hogy segítsen neki, és inkább összefognak, hogy szembenézzen Tobi és a szövetségesei. Ez azt eredményezi, egy negyedik nagy ninja háború között az egyesült hadsereg az öt nagy ország (összefoglaló néven a szövetséges erők Shinobi) és Akatsuki erők zombi-szerű nindzsák. Naruto, és Killer Bee, a Naruto Costumes fogadó a Nyolc-Tails, irány a csatatér hajlandó hátradőlni utasításai. A konfliktus során, kiderül, hogy Tobi valójában Obito Uchiha, Kakashi egykori csapattársa, aki úgy gondolták, hogy halott. Ő mentette meg az igazi Madara és már dolgozik vele azóta. Ahogy Sasuke megtanulja a történelem Konoha, beleértve azokat a körülményeket, amelyek alapján a klánját bukását, úgy dönt, hogy megvédje a falut, és újra Naruto és Sakura megállítani Madara és Obito tervei, ami felszabadítsa a Ten-Tails. Azonban Madara teste végül megszállta Kaguya Ōtsutsuki, egy ősi hercegnő, aki kívánja, hogy leigázza az egész emberiséget. A megújult Obito feláldozza magát, hogy segítsen a Team 7 megállítani. Miután Kaguya lezárjuk, Madara meghal is, de Sasuke kihasználja a helyzetet, és átveszi az irányítást az összes farkú állatok megvalósítani az igazi célja, hogy véget vessen a jelenlegi falu rendszer. Naruto Sasuke szembesíti lebeszélni, és miután szinte megölik egymást a végső csatában, Sasuke ismeri el a vereséget és a reformokról. A háború után, Kakashi-t választották a hatodik Hokage és bocsánat Sasuke a bűneiért. Évekkel később, Kakashi lépésre le, miközben Naruto Hinata Hyuuga feleségül, és képes lesz a hetedik Hokage, emelése a következő generációnak.
